“进去吧”朵迷诺将小智他们带入地牢，先将他们关起来，“你们是无法逃脱的”说完，朵迷诺便离开了，她可没时间陪小智他们玩，基地建设还需要她指挥。
“皮卡丘没事吧”小智抱起来皮卡丘。
“我没事”
“小智接下来我们怎么办”小刚问道。
“不急，天无绝人之路”
火箭队他们在热火朝天的建设，完全不顾环境问题，将大量污水排入湖中污染了水源，这可恼怒了下游的虫神奇宝贝，它们发誓要人类付出代价。
大量的虫神奇宝贝进入中心岛屿，对着火箭队成员攻击，一个火箭队成员一不小心，将切割火枪掉进燃料储存区，引起大爆炸。
“怎么回事”板木目瞪口呆的看着满头飞舞的虫神奇宝贝。
爆炸的冲击将门口的守卫全部炸飞，连小智他们的牢房也被炸开，小智他们被吹的人仰马翻。
“太好了，我们可以出去了”小智站起来说到。
“大家到这里来”小智对着大家说到，不过贝尼博士和露娜小姐却去了另一边，看来他们很担心泉水。
横穿基地无一人阻拦，因为他们正面临大量虫神奇宝贝的攻击，没时间顾及那么多。小智一伙顺利到达湖边战场。周围依然是一个火箭队没有，只有两个机器人，和两个机器人不断压制看上去已经出气多进气少的超梦。
“超梦我马上来救你”小智先退后几步“皮卡对着机器使用十万伏特”
皮卡丘纵身一跃，在半空中放出一道闪亮的粗大电流，打在两边的机器身上，机器开始颤抖。
十万伏特强劲的电流烧毁了机器里面精密的电路，身体各处冒出噼里啪啦的电火花，随即爆炸成一团烟火。
失去了机器后，困在空中超梦的光球能量自然无法再保持平衡，超梦也从空中掉落下来。
“成功了”小智欢呼到“赫拉克罗斯接住超梦”
赫拉克罗斯出来马上接住了掉下来的超梦，避免它再受到伤害。
“超梦”小智连忙跑过去和赫拉克罗斯一起扶起超梦。
“小刚，有给小精灵疗伤的药？快拿过来，超梦它伤得很重”
“是”小刚连忙从背包里翻出喷雾器造型的小精灵疗伤药物跑过来。
“你是那个时候的”这时本来已经近乎昏迷状态的超梦清醒了过来，睁开眼睛就看到了一脸焦急的小智。“为什么要救我”
“救人不需要任何理由”小智摸着头，挤出一副笑脸“但是看到受伤的精灵，我没理由站在一边什么都不做？如果是你也会和我做一样的事情”
“不行啊小智”拿着喷雾器在超梦身上忙活的小刚皱紧眉头叫道“超梦的伤势太严重了，普通程度的治疗根本没有效果”
“不用白费力气了”超梦缓缓地摇了摇头，声音中透出掩饰不住地虚弱。“我的情况自己清楚，这具身体已经超出了极限”
“可恶！就没有别的办法吗”小智懊恼地一拳砸在地上，“对了，清澈泉，清澈泉水可以治疗神奇宝贝，它一定可以治好超梦，赫拉克罗斯带着超梦跟我走”
“我不会让你这么做的小智”这时候板木带着火箭队出来阻挠了。
“小智快走，这里交给我们吧”小刚他们和那些复制神奇宝贝档在了板木面前，为小智救超梦赢得时间。
“那就交给大家了，赫拉克罗斯我们走，皮卡丘留下了帮忙”小智马上带着超梦离开。
“为什么你要帮助我”超梦不解的问道，它还是无法完全相信人类。
“因为你救过皮卡丘，也帮助过许多神奇宝贝，这就是理由”小智一副理所当然的回答到。
“就因为这样”
“没错”
“说不定你是个特别的人，特别的训练家”
“你不也是特别的神奇宝贝”
“我还没有搞清楚，自己到底是谁”超梦自嘲的笑到。
“答案其实早就有了，你是超梦超梦是你，世界上独一无二的神奇宝贝”
“我是超梦”
几分钟后，依旧是无人阻拦的小智来到了岛屿中心处的清澈泉。虽然泉水旁边的草地上已经搭起了帐篷并堆满了不少研究用机械，还看到了两个熟人。
“小智你怎么在这里？这只小精灵怎么了”贝尼博士和露娜小姐正蹲在水池边，庆幸泉水没受到污染，看到小智带着超梦过来开口问道。
“超梦它受了很重的伤”小智解释道“我想这个泉水说不定能救它”
“原来是这样”贝尼博士干脆地将手中装满泉水的试管递了过去“快让它把这个喝下去吧”
“单喝是没有用的，它需要大量的水”小智让赫拉克罗斯举起超梦。
“等等，这里有很重要的成分，说不定能拯救人类”贝尼博士知道小智要怎么做出来阻止。
“但我只想救的是他”小智不管以后是否会不会可以拯救人类，让赫拉克罗斯把超梦丢进湖里。
“还是迟了一步吗”板木这时候坐在飞机出现在小智他们面前“不过算了，这里的一切都属于我”
“我不会让你得逞的板木”这时候伤势全好的超梦出来了，“这里不属于你，也不属于我，我不会让你伤害任何人的”
超梦开始释放全部精神力，“在这里释放我的所以力量吧”强大的力量席卷了整个清澈湖，爆发出耀眼的光芒，让所有人都睁不开眼。
等光芒散去，清澈泉水不见了，剩下的是光秃秃的地面和火箭队成员，其中小智一行人和复制神奇宝贝都不见了，不过由于情况太震撼了，大家都忽略了这一点。
“完了”贝尼博士失魂落魄的跪坐的地上。
而小智他们被超梦移到了地下，在那里，超梦早就做好了一个地下室。
“我把水移到了这里，这样就不会有人发现了”
“超梦，你的力量真强”小智看着面前的湖水说到。
“等一下我会消除所有人关于这里的事情，上次你为什么没有被消除记忆”超梦一直很好奇这件事。
“因为我是有波导的人”小智全身散发出淡蓝色的波导，这些波导可以保护他。
“真是特别的人类”
大量巴大蝴出现，对着火箭队的人挥洒大量睡眠粉，让他们陷入沉睡，然后消除他们的记忆，连板木也不例外，他和超梦的关系从此断裂。
“旅行即将开始”在火箭队离开后，超梦准备带着复制神奇宝贝正真投入世界，投入生活。
“超梦以后要多保重，顺便告诉梦幻，你们那天的话我听到了，等成都白银大会结束你们过来找我就可以了”小智站在超梦面前说到。
“我会告诉梦幻的”说完超梦带着所有复制神奇宝贝离开了，而小智他们也继续旅行。
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